Националният църковен историко-археологически музей се намира в сградата на Богословския факултет на СУ "Св. Климент Охридски" на площад "Света Неделя” в центъра на София. Забележителната сграда е дело на български и чуждестранни архитекти и художници и е построена през 1923г. Тогава отваря врати и музеят. По време на бомбардировките през Втората световна война сградата сериозно е пострадала, но по-късно е възстановена.

Музеят съхранява над 10 000 експоната - икони, дърворезби, исторически документи, църковна утвар, старопечатни книги и др. Посетителите могат да видят икони, изработени от майстори от Тревненската, Самоковската, Дебърската и Банската школа. Изложени са уникални по своя вид автографи - ръкописи на Неофит Бозвели, Иларион Макариополски, екзарх Антим І, екзарх Йосиф І и други. Заради изключителната си ценност често експозиции на музея гостуват по покана на различни музеи в целия свят - Париж, Женева, Санкт Петербург, Москва, Прага, Братислава и др. Сградата на Богословския факултет е обявена за архитектурностроителен и художествен паметник на културата с национално значение.