Учебното заведение е наследник на мъжкото непълно четирикласно училище в Скопие. По това време в града има и девическо четирикласно непълно училище.[1] През учебната 1895 – 1896 година Българската екзархия обявява мъжкото училище за педагогическо, като разкрива I педагогически курс. Така училището се преобразува в Третокласно и педагогическо, а през следващата 1896 – 1897 година училището има вече и II курс.[2] Училището се помещава в преправено общинско здание до църквата „Света Богородица“. Броят на учениците постоянно се увеличава и Скопското училище е сред най-посещаваните в Македония. През първата година 10 учители обучават 200 ученици, а на следващата година достигат бройка от 250 ученици.

Успоредно с педагогическото училище е създадено и Българско девическо четирикласно училище, което през първата година има 50 ученички и 5 учителки. И двете училища се управляват от общ директор, назначаван от Българската екзархия.

В Девическото училище през учебната 1901/1902 година управителят Иван Благоев преподава български език, физика и антропология, а учителите от мъжкото училище Димитър Галев – педагогика и Никола Янишлиев – пеене, химия, минералогия, антропология.[3] Училището става петкласно от учебната 1902/1903 година; учители от мъжкото училище, които преподават тогава и в него, са отец Протасий (закон Божи), Д. Галев (педагогика), Н. Янишлиев (пеене, химия, минералогия) и Хр. Николов (френски).[4]

Отделно в Скопие се отварят и сръбско училище през 1892 година, католическо училище през 1894 година и влашко училище през 1896 година, има и 2 гръцки и 1 еврейско училища.[5]

Директор и главен учител през 1895 – 1898 година е Христо Матов, като за кратко прекъсва работа, защото е в затвора след разкритията на Винишката афера.

Училището просъществува до 1913 година. Дейността му е възстановена по време на Първата световна война (1915 – 1918).